Η παιδική παχυσαρκία αποτελεί το κλασικό παράδειγμα πολυπαραγοντικής νόσου. Στην συντριπτική πλειοψηφία τα παιδιά με αυξημένο ΔΜΣ δεν έχουν υποκείμενη παθολογία. Μόνο ένα μικρό ποσοστό της παιδικής παχυσαρκίας οφείλεται σε ενδοκρινολογικά προβλήματα, όπως ο υποθυρεοειδισμός, η υπερκορτιζολαιμία, η ανεπάρκεια αυξητικής ορμόνης. Τα γενετικά σύνδρομα που συνδέονται με την παιδική παχυσαρκία αποτελούν και αυτά μικρό ποσοστό.